基孔肯雅热的潜伏期为1-12天，通常为3-7天。其典型病程可分为三期，每一期都伴随着独特的症状：

急性发热期（1-7天）

高热：患者常突发寒战、高热，体温可达39℃以上，持续1-7天后逐渐退热。部分患者会出现“双峰热”，即在首次退热后3天左右再次发热，持续3-5天。

全身症状：头痛、恶心、呕吐、食欲减退、结膜充血（畏光）和淋巴结肿大是常见伴随症状。部分患者可能出现腹痛、腹泻或便秘。

出血倾向：少数患者会出现鼻出血、牙龈出血、皮肤黏膜瘀点或瘀斑，但出血量通常不大。

关节剧痛期（高峰在第3-5天）

关节痛：这是基孔肯雅热最标志性的症状。疼痛多累及手腕、脚踝、手指、脚趾等小关节，也可涉及膝、肩等大关节。疼痛呈游走性，随运动加剧，晨间较重。患者常因剧烈疼痛而无法活动关节，甚至因腕关节受压引发剧痛而被迫屈身，形成“曲屈病”的典型姿态。

关节肿胀：约30%的患者会出现关节肿胀，但关节积液较少见。X线检查通常无异常。

肌痛：全身性肌肉疼痛也是常见症状，进一步加重患者的不适感。

恢复期（数周至数年）

慢性关节痛：多数患者在2周内康复，但约10%的患者会遗留慢性关节痛，持续数月甚至数年。儿童患者可能缺乏关节痛症状，但部分病例在热退后数月内会反复出现关节痛。

严重并发症：极少数病例（不足1%）可能并发脑膜炎、心肌炎或流产（孕妇）。病毒还可通过胎盘感染胎儿，导致流产或胎儿死亡。

症状鉴别：与登革热、传染性红斑的区分

基孔肯雅热的症状与登革热、传染性红斑等疾病相似，易造成误诊。以下是它们的典型区别：

与登革热的鉴别

发热期：基孔肯雅热发热期较短（通常3-5天），而登革热发热期较长（5-7天）。

关节症状：基孔肯雅热关节痛更剧烈且持续时间长，登革热则以肌肉痛和血小板减少为特征。

出血倾向：登革热出血倾向更明显，可能引发严重出血甚至休克。

与传染性红斑的鉴别

皮疹特点：传染性红斑首先出现颧部红斑（“拍击性面颊”），2-5日后扩展至躯干和四肢；基孔肯雅热的皮疹多为斑丘疹或猩红热样皮疹，分布于躯干、四肢伸展侧及手掌、足底。

关节症状：传染性红斑的关节受损多发生在近端指趾关节和掌关节，而基孔肯雅热以小关节（如手腕、脚踝）疼痛为主。